2020年五一假期期间（5月1日至5月5日），京港地铁所辖各线总客运量共计291.2万人次。其中，4号线及大兴线客运量共计177.5万人次；14号线客运量共计97.4万人次；16号线北段客运量共计16.3万人次。假期期间，4号线及大兴线共计开行列车3730列次；14号线共计开行列车3010列次；16号线北段共计开行列车1280列次。京港地铁所辖各线客运组织整体平稳有序，保障了假期期间乘客的顺畅出行。
今年五一假期期间，4号线及大兴线进出站量较多的车站为北京南站、西红门站、及西单站，其中北京南站日均进出站量为5.7万人次，较4月双休日平均进出站量增长了191%；西红门站及西单站日均进出站量分别为3.7万人次和3.3万人次；14号线进出站量较多的车站为将台站、九龙山站、望京南站；16号线北段进出站量较多的车站为北安河站、永丰站。京港地铁所辖各线换乘站中，日均换乘量较多的车站有西直门站、角门西站及金台路站，日均换乘量为6.3万人次、4.2万人次、4.1万人次。
针对假期客流较大的特点，京港地铁所辖各线各车站均根据提前制定的客运组织方案，加强了站内客流监控，加大重点部位如出入口、闸机、安检机、站台等处的客流疏导力度；同时，各换乘站加强了对重点部位如换乘通道、楼梯等处的监控，及时对客流进行疏导，保障乘客在换乘通道及楼梯处的安全；此外，各车站还通过站内广播及时提示乘客出行路线。京港地铁的官方新浪微博也在第一时间向乘客及时传达了客运信息，保证车站客流组织顺畅。
假期期间，4号线、大兴线、14号线及16号线的维修部门加强了对重点设备设施如车辆、安全门、电梯等的巡查次数和检修力度。各线路持续加强巡视，对设备运转情况进行监控，保障乘客安全，确保车辆及各系统设备安全、可靠、稳定运行。
同时，五一假期仍处于疫情期间，为给乘客提供安全、健康的出行环境，京港地铁所有车站严格执行体温检测，乘客进站乘车须佩戴口罩；设置列车满载率观察员，对车站进行多点位客流监控，并结合分时客流监测系统，做好客流的科学、精细化管控；持续强化消毒及通风工作、做好票卡消毒工作；同时，引导乘客与其他乘客保持一定安全距离，为乘客安全、顺畅出行保驾护航。
在地铁安检方面，京港地铁所辖各线坚持“人物同检”的原则，五一假期期间，京港地铁所辖各线车站进一步加大了安保安检力度，共查出违禁品768件，全面保障了乘客的出行安全。