端午节小长假期间（6月4日至6月6日），4号线三天共运送乘客242万人次，日均81万人次，同比增长27%；大兴线三天共运送乘客48万人次，日均16万人次。三天共计开行列车1848列次。兑现率100%、正点率99.9%。节日期间，4号线和大兴线运营工作总体平稳有序。
三天小长假期间，京港地铁特别加强了重点车站如北京南站、西单站、中关村站、北宫门站、西苑站等的运营组织工作，并加派工作人员进行客流疏导，合理引导乘客进、出站，保障乘车秩序及安全。在运营组织方面，根据前期制定的措施，加派工作人员进行客流疏导，合理引导乘客进、出站。车站还通过增加人工售票窗口等方式，减少了排队现象，加快进站速度，缓解客流增长带来的运营压力。同时，各车站新增的标识如西单的橙色网格线、调头标识等对引导乘客进出站起到了较好的效果。
北京南站节日期间的客运量比平时增长15%，该站日均进出站客流达10万人次。为缓解客流压力，4号线北京南站与北京铁路进行了有效的信息联动，采取了临时限流措施，安排工作人员在出入口处进行疏导，引导乘客正确、安全、有序的进出站。
节日期间，车辆部门加强了对车辆及相关设备的维护和保障，加大故障排查力度，提高维修维护质量，确保列车及设备运转良好有序。同时，维修保障部门加强了对电扶梯、直梯、安全门、闸机等设备设施的维修维护，落实设备检查，确保了各类设备设施运行安全、可靠、稳定。
节日期间，京港地铁严格执行汛期值班制度，保证防汛信息的及时报送和响应。车站各项防汛物资如防滑垫、编织袋、强光探照灯、防洪板、沙袋、水泵等准备充足，确保安全防汛以及乘客安全出行。
4号线和大兴线在“端午节”期间加大了巡查力度，遵循“逢包必检，逢液必检，逢疑必问”的原则，小长假三天内共查获违禁品260件。